Os Comitês PCJ atuam para ampliar os investimentos em Soluções Baseadas na Natureza (SbN), cujo termo se refere à prática da gestão e do uso sustentável de recursos e processos naturais para enfrentamento de desafios socioambientais. O incremento da infraestrutura natural, de maneira complementar à chamada infraestrutura cinza, é estruturado de forma a propiciar a melhoria nas condições qualitativas e quantitativas do regime hídrico dos mananciais nas Bacias PCJ. Em longo prazo, as iniciativas também resultam na redução do custo de tratamento da água que será destinada ao abastecimento público dos municípios desse território.

A Agência das Bacias PCJ, por meio da Assessoria Ambiental, desenvolve ações e demandas relacionadas à implementação da Política de Recuperação, Conservação e Proteção dos Mananciais dos Comitês PCJ – Política de Mananciais PCJ. É responsável por operacionalizar os processos de seleção de áreas e empreendimentos publicados periodicamente, para aplicação dos recursos oriundos das Cobranças PCJ. A estruturação das ações de fomento e apoio executivo está definida nos programas temáticos da Política de Mananciais PCJ: I – Recuperação Ambiental em Áreas de Interesse, II – Pagamento por Serviços Ambientais (PSA), III – Áreas Sujeitas a Restrição de Uso e IV – Proteção dos Biomas Mata Atlântica e Cerrado. (GRI 3-3, 304-3)