O Projeto Holambra foi desenvolvido em 3 Fases distintas descritas no quadro abaixo, sendo a 1ª FASE, de responsabilidade da Agência das Bacias PCJ, desenvolvida pela contratada CODASP – Companhia de Desenvolvimento Agrícola de São Paulo, a qual elaborou os Projetos Integrais das Propriedades – PIPs beneficiadas pelo projeto. Durante a referida fase do projeto, foram desenvolvidos diagnósticos ambientais que permitiram a avaliação da situação de degradação das áreas, possibilitando a definição de medidas adequadas à adequação ambiental, em conformidade com a legislação vigente.
A 1ª FASE desenvolveu-se de 2015 a 2016, quando foram finalizados os 105 PIPs, financiados por meio de recursos federais, do PAP PCJ 2013-2016 da Agência das Bacias PCJ. Ainda na 1ª FASE, a ação de adequação de estradas rurais foi desenvolvida pela SAA-SP.
A 2ª FASE, relacionada à execução das intervenções de restauração ecológica, foi financiada pela Fundação Banco do Brasil.
A 3ª FASE, inerente à execução de obras voltadas à manejo e conservação de solo, padronização de estradas rurais e instalação de estruturas de saneamento nas áreas rurais, foi financiada pela ANA.
Abaixo é apresentado o panorama das fases e a respectiva execução: