A Presidência é a instância que representa a Agência das Bacias PCJ em várias veemências, interna e externamente. Dentre suas principais atribuições, designa e convoca Diretorias e Conselhos para fóruns, reuniões e casos previstos no Estatuto da entidade; pratica todos os atos necessários à administração da Agência das Bacias PCJ; submete à apreciação e aprovação relatórios e documentos de prestação de contas a outras instâncias de governança, como o Conselho Deliberativo, e aos Comitês PCJ todos os atos que exijam aprovação daquele colegiado. O presidente assina, junto com o Diretor Administrativo e Financeiro, contratos.