Dentre as atribuições da Diretoria Administrativa e Financeira, está a administração do corpo funcional da Agência das Bacias PCJ e todos os processos inerentes, incluindo concurso público para contratação de funcionários. Esta Diretoria ainda é responsável pelo sistema de informação da entidade; tem responsabilidades de cobrança pela utilização dos recursos hídricos e de administração sobre os recursos financeiros da Agência das Bacias PCJ; e também administra a subconta do Fehidro, correspondente às Bacias PCJ.