Um rio que nasce e desagua dentro do mesmo estado, está sob a competência e domínio do estado. Por outro lado, rios que cruzam divisas estaduais, como por exemplo aqueles que nascem no estado de Minas Gerais e atravessam o estado de São Paulo, são de domínio da União. Neste sentido, as Bacias PCJ possuem rios de dominialidade estaduais (São Paulo e Minas Gerais) e Federal, possui sete sub-bacias distribuídas em três bacias hidrográficas, garantindo o abastecimento de água para cerca de 6 milhões de habitantes das Bacias PCJ e cerca de 10 milhões de habitantes da Região Metropolitana de São Paulo (RMSP), por meio do Sistema Cantareira.

Cabe ressaltar uma peculiaridade da bacia hidrográfica dos Rios Piracicaba e Jaguari (Bacia PJ1), onde há dois cursos d’água como nome de Rio Camanducaia. Há o Rio Camanducaia responsável por denominar a sub-bacia do Camanducaia (ou Rio da Guardinha), com nascente no município de Toledo e foz na confluência com o Rio Jaguari, em Jaguariúna (SP). Além desse, há outro Rio Camanducaia dentro da sub-bacia do Rio Jaguari, com nascente no município de Camanducaia/MG, e que também possui sua foz em uma confluência com o Rio Jaguari(Extrema/MG). Esse segundo Rio Camanducaia é também a nascente do rio principal do Rio Piracicaba. Destaca-se que esse Rio Camanducaia não é o Rio Camanducaia que dá nome à sub-bacia do Camanducaia (que também é chamado de Rio da Guardinha), e sim o localizado na sub-bacia do Rio Jaguari.