A Fundação Agência das Bacias Hidrográficas dos Rios Piracicaba, Capivari e Jundiaí (Agência das Bacias PCJ) é o braço executivo dos Comitês PCJ. É responsável pelo desenvolvimento dos instrumentos de gestão dos recursos hídricos na região das Bacias PCJ e pelo gerenciamento dos recursos financeiros arrecadados tanto com a cobrança pelo uso das águas nos rios de domínio da União, quanto nos rios de domínio do estado de São Paulo, bem como dos recursos da Compensação Financeira pela Utilização dos Recursos Hídricos para Fins de Geração de Energia (CFURH), os royalties pagos pelo setor hidrelétrico.
Os recursos arrecadados oriundos das Cobranças PCJ e da CFURH são investidos de acordo com as ações pautadas e priorizadas no Plano das Bacias PCJ em vigência e de acordo com as deliberações dos Comitês PCJ.
(GRI 2-1, 2-6)
Em novembro de 2023, o colegiado paulista (CBH-PCJ) celebrou 30 anos, o Comitê PCJ FEDERAL completou 20 anos de instalação e o CBH-PJ1, colegiado mineiro das Bacias PCJ, completou 15 anos promovendo uma gestão descentralizada e participativa nas Bacias PCJ. Entre outros pontos relevantes que marcam a história dos colegiados, que atuam de forma deliberativa e consultiva, está a forte participação da comunidade por meio de suas 12 câmaras técnicas, hoje formadas por mais de 900 representantes de entidades em diversas áreas, além de contar com a Agência das Bacias PCJ, como seu braço executivo.
A instância de tomada de decisões dos Comitês PCJ são os Plenários, que se reúnem de duas a três vezes ao ano para deliberar assuntos relacionados ao gerenciamento dos recursos hídricos.